Τα μυκητοκτόνα ταξινομούνται ανάλογα με τον τρόπο χρήσης τους

1. Προστατευτικός παράγοντας
Πριν οι παθογόνοι μικροοργανισμοί έρθουν σε επαφή με το φυτό ή βυθίσουν το φυτό, το φυτό ή το περιβάλλον περιβάλλον υποβάλλεται σε θεραπεία με ένα φάρμακο για την αναστολή της βλάστησης των παθογόνων σπορίων ή για τη θανάτωση των βλαστημένων παθογόνων σπόρων για την προστασία του φυτού από τη ζημιά του. Αυτό το αποτέλεσμα ονομάζεται προστατευτικό αποτέλεσμα. Οι παράγοντες με αυτό το αποτέλεσμα είναι προστατευτικοί παράγοντες. Όπως μείγμα Bordeaux, ψευδάργυρος ψευδάργυρος, θειικός χαλκός, πράσινος χαλκός γάλακτος, mancozeb, chlorothalonil και ούτω καθεξής.
2. Θεραπευτικοί παράγοντες
Οι παθογόνοι μικροοργανισμοί του θεραπευτικού παράγοντα έχουν διεισδύσει στο φυτό, αλλά το φυτό εμφανίζει συμπτώματα και βρίσκεται σε περίοδο επώασης. Το φάρμακο διεισδύει στον φυτικό ιστό από την επιδερμίδα του φυτού και σκοτώνει ή αναστέλλει το παθογόνο μέσω μεταγωγής, διάχυσης ή παραγωγής μεταβολιτών, έτσι ώστε το άρρωστο φυτό να μην υποφέρει πλέον και να αποκαθιστά την υγεία. Οι παράγοντες που έχουν αυτό το θεραπευτικό αποτέλεσμα ονομάζονται θεραπευτικοί ή χημειοθεραπευτικοί παράγοντες. Όπως θειοφανικό-μεθύλιο, καρβενταζίμ, κασουγαμυκίνη και ούτω καθεξής.
3. Παράγοντας εκρίζωσης
Τα εκριζωτικά αναφέρονται σε παθογόνα που μπορούν να σκοτώσουν άμεσα παθογόνα που έχουν εισβάλει στα φυτά όταν εφαρμόζονται μετά τη μόλυνση των φυτών. Οι παράγοντες με τέτοιο αποτέλεσμα εκρίζωσης είναι παράγοντες εκρίζωσης. Όπως το thiram, το πενταχλωροφαινικό νάτριο, το θείο ασβέστη και ούτω καθεξής.