Τα πρώιμα μυκητοκτόνα ήταν ανόργανες ενώσεις, μεταξύ των οποίων χρησιμοποιούνται ακόμη και σήμερα παρασκευάσματα θείου και χαλκού (βλέπε μείγμα Μπορντό). Το 1914, ο I. Reem της Γερμανίας χρησιμοποίησε για πρώτη φορά οργανικές ενώσεις υδραργύρου για τον έλεγχο του σιταριού, σηματοδοτώντας την αρχή της ανάπτυξης οργανικών μυκητοκτόνων.
Το 1934, ο WH Tisdale και άλλοι στις Ηνωμένες Πολιτείες ανακάλυψαν τις βακτηριοκτόνες ιδιότητες του διθειοκαρβαμιδικού διμεθυλεστέρα. Από τότε, τα οργανικά μυκητοκτόνα έχουν αρχίσει να αναπτύσσονται γρήγορα. Υπάρχουν τρεις κύριες σειρές οργανικών μυκητοκτόνων θείου που αναπτύχθηκαν τη δεκαετία του 1940 και του 1950: thirams, dysons (όπως ψευδάργυροι dysons) και τριχλωρομεθυλοθειοδιμεθυλοκαρβοξιμίδια. Επιπλέον, έχουν αναπτυχθεί επίσης οργανικό χλώριο, οργανικός υδράργυρος, οργανικά μυκητοκτόνα αρσενικού. Τα περισσότερα από αυτά τα μυκητοκτόνα είναι προστατευτικοί παράγοντες και έχουν περιορισμούς στην εφαρμογή τους.
Από τη δεκαετία του 1960, έχουν εμφανιστεί περισσότεροι χημικοί τύποι μυκητοκτόνων και η πιο σημαντική πρόοδος είναι η εμφάνιση συστηματικών μυκητοκτόνων.
Το 1965, η Ιαπωνία ανέπτυξε το οργανοφωσφορικό μυκητοκτόνο Daobenjing. Το 1966, οι Ηνωμένες Πολιτείες ανέπτυξαν το wisterin. Το 1967, οι Ηνωμένες Πολιτείες ανέπτυξαν το benomyl. Το 1969, η Ιαπωνία ανέπτυξε το thiophanate. Η τρικυκλαζόλη αναπτύχθηκε στις Ηνωμένες Πολιτείες το 1977, το metalaxyl αναπτύχθηκε στην Ελβετία και το τριαιθυλοφωσφορικό αλουμίνιο αναπτύχθηκε στη Γαλλία το 1978. Οι συστημικοί παράγοντες που αντιπροσωπεύονται από τα παραπάνω έχουν γίνει το κύριο ρεύμα ανάπτυξης μυκητοκτόνων από τη δεκαετία του 1970. Ταυτόχρονα, τα γεωργικά αντιβιοτικά έχουν αναπτυχθεί ραγδαία. Ο οργανικός υδράργυρος, το οργανικό αρσενικό και ορισμένα οργανικά μυκητοκτόνα με χλώριο καταργούνται σταδιακά λόγω τοξικότητας ή περιβαλλοντικής ρύπανσης. Η νέα γενιά συστημικών παραγόντων έχει επεκτείνει περαιτέρω την αγορά μυκητοκτόνων λόγω των βελτιωμένων αποτελεσμάτων ελέγχου τους. Μέχρι τη δεκαετία του 1980, υπήρχαν περισσότερες από 200 ποικιλίες μυκητοκτόνων. Σύμφωνα με την έρευνα, το 1985, οι πωλήσεις μυκητοκτόνων στον κόσμο έφτασαν τα 2,54 δισεκατομμύρια δολάρια ΗΠΑ, αντιπροσωπεύοντας το 18,4 τοις εκατό των συνολικών πωλήσεων φυτοφαρμάκων.
Το 1984, οι πωλήσεις συστημικών παραγόντων σε μυκητοκτόνα αντιπροσώπευαν το 44,2 τοις εκατό και οι μη συστημικοί παράγοντες αντιπροσώπευαν το 55,8 τοις εκατό. Για σχεδόν μισό αιώνα, η ανάπτυξη μυκητοκτόνων εστιάζεται κυρίως στους παράγοντες για την πρόληψη και τη θεραπεία μυκητιασικών ασθενειών, ενώ η έρευνα και ανάπτυξη παραγόντων για την πρόληψη και τη θεραπεία ασθενειών που προκαλούνται από βακτήρια και ιούς είναι ακόμη ανεπαρκής. Από τη δεκαετία του 1950, η Κίνα έχει αναπτύξει κυρίως προστατευτικά μυκητοκτόνα. Από τη δεκαετία του 1970, άρχισε να αναπτύσσει συστηματικά μυκητοκτόνα και γεωργικά αντιβιοτικά και σταμάτησε να χρησιμοποιεί οργανικούς παράγοντες υδραργύρου. Επειδή η τεχνολογία εφαρμογής των μυκητοκτόνων είναι σχετικά περίπλοκη, η ταχύτητα ανάπτυξης δεν είναι τόσο γρήγορη όσο αυτή των εντομοκτόνων. Ωστόσο, η προστατευτική δράση των μυκητοκτόνων στη γεωργική παραγωγή αναγνωρίζεται όλο και περισσότερο από τους αγρότες. Με τον εκσυγχρονισμό της γεωργίας της Κίνας, η ανάπτυξη μυκητοκτόνων αναπόφευκτα θα επιταχυνθεί.